Total Commander היא תוכנית פופולרית שזכתה לתהילה בזכות קלות השימוש בה, מספר רב של תוספים ונוכחות הגדרות ייחודיות שאינן זמינות ברוב מנהלי הקבצים האחרים. אף על פי כן, לטוטל קומנדר יש מספר תוכניות חלופיות שיש להן פונקציונליות לא פחות ויכולות להוות תחליף טוב.
מנהל FAR
אחת החלופות הפופולריות ביותר ל- Total Commander היא FAR Manager. תוכנית זו כוללת סט פונקציות דומה, אך שונה בממשק ובכמה תכונות. כמו Total Commander, ליישום יש מספר רב של תוספים זמינים שיעזרו לשפר את הפונקציונליות של המשתמש התובעני ביותר. מבחינת מכלול האפשרויות, FAR אינה נותרת מאחורי מקבילה, היא חופשית לחלוטין ומפותחת באופן פעיל על ידי קהילת המתכנתים. ל- FAR ממשק דו-חלוני דומה, המיושם בפורמט טקסט, מה שהופך את מנהל הקבצים לקל לשימוש ומהיר להפעלה גם במחשבים חלשים.
ל- FAR יש גם ערכות נושא, וניתן לשלוט באופן מלא על פונקציות התוכנית באמצעות המקלדת.
FreeCommander
FreeCommander היא אלטרנטיבה חינמית ל- Total Commander. כמו קודמו, ל- FreeCommander יש ממשק הניתן להתאמה אישית רב לשונית ומגוון רחב של הגדרות. תכונה של התוכנית היא היכולת להריץ מכונן הבזק כגרסה ניידת בכל מערכת Windows. היישום מהיר, יש לו את היכולת להציג ארכיונים הן בטקסט רגיל והן בתבניות הקסדצימליות ובינאריות. בניגוד ל- FAR, כלי השירות תומך ב- Drag & Drop ויכול להתחבר לשרתי FTP מרוחקים. FreeCommander מסוגל להפוך לחלופה מוחלטת ל- Total Commander.
החיסרון של FreeCommander הוא היעדר מערכת מודולים והיכולת לשלב סיומות משלך.
מדריך אופוס
Directory Opus הוא מנהל קבצים בתשלום עם ממשק רב תכליתי שיהיה עוזר טוב בעבודה עם קבצים שונים. כמו Total Commander, לאפליקציה יש ממשק רב לשוני, יכולת לשנות את העיצוב באמצעות כמה כפתורים. לתוכנית פונקציית סינון וחיפוש קבצים מתקדמת יותר, היא מסוגלת לסנכרן נתונים, לחפש כפילויות במערכת. Directory Opus כולל מספר רב של תוספים, אשר, לעומת זאת, אינם כה רבים בהשוואה ל- FAR או Total Commander. התוכנית מסוגלת לעדכן אוטומטית והיא זמינה עבור ארכיטקטורות Windows ו- 64 סיביות. ניתן להפעיל את היישום גם מכונן הבזק מסוג USB.
חלופות אחרות כוללות את האפליקציה Double Commander עם תמיכה בתוספים של המפקד הכולל. יש גם מפקד Unreal ו- Speed Commander, שחוזרים למעשה על הפונקציונליות של Total Commander, אך בעלי עץ עיצוב והגדרות שונה במקצת.